W Torayu rozgrywanym w Tokio uległa Pam Shriver 4:6, 3:6 w drugiej rundzie. Japonia nie była dla niej szczęśliwa. Tydzień później jako turniejowa 3. uległa Kimiko Date w trzeciej rundzie w Osace. Mimo to awansowała na 15. miejsce WTA.
Wzięła udział w wielkim turnieju w Indian Wells, gdzie jako nr 3. uległa Helenie Sukovej 1:5, 5:7. W ćwierćfinale w Barcelonie odpadła z Coetzer, musiała kreczować z powodu kontuzji nadgarstka. 30 kwietnia cały świat, nie tylko tenisowy zwrócił oczy na Magdalenę. W trzecie rundzie Citizen Cup walczyła z Monicą Seles. Magdalena przegrała pierwszego seta do czterech. W drugim przełamała Seles i było 3:0 dla Maleewej. Monica jednak wzięła się w garść i wygrała następne 4 gemy. Przerwa po 7 gemie doprowadziła Magdalenę Maleewą do swojego jedynego zwycięstwa nad Seles. Podczas przerwy Seles została zaatakowana przez nożownika – wielbiciela Graf (wcześniej Seles odebrała Graf miejsce liderki WTA). Magdalena, wobec nie kontynuowania przez Seles uczestnictwa w turnieju, awansowała do półfinału, gdzie uległa łatwo Sánchez Vicario do dwóch i do sześciu. Przez swój start w półfinale awansowała na 10. miejsce – najwyższe w dotychczasowej karierze. Prasa nie zostawiła na Magdalenie suchej nitki. Gazety na całym świecie pisały, że powinna była wycofać się z turnieju po ataku na Seles.