30 czerwca 2014 roku powrócił z wypożyczenia do NK Maribor, który ponownie zdobył mistrzostwo Słowenii. Dzięki temu jego zespół mógł wystąpić w kwalifikacjach do Ligi Mistrzów, w których kolejno pokonał Zrinjski Mostar (0–0 i 2–0), Maccabi Tel Awiw (1–0 i 2–2) oraz Celtic FC (1–1 i 1–0) i awansował do fazy grupowej. Petar Stojanović we wszystkich sześciu meczach zagrał pełne 90 minut. W fazie grupowej Ligi Mistrzów wystąpił w pięciu meczach, jednak jego drużyna nie wygrała żadnego ze spotkań i w efekcie zajęła ostatnie, 4. miejsce.
Z klubem NK Maribor miął umowę do 30 czerwca 2017 roku. W styczniu 2016 odszedł do Dinamo Zagrzeb.
30 lipca 2021 był wypożyczony do Empoli FC.
27 czerwca 2025 został piłkarzem Legii Warszawa, z którą podpisał trzyletni kontrakt. W jej barwach zadebiutował 13 lipca 2025 w wygranym 1:2 meczu o Superpuchar Polski przeciwko Lechowi Poznań, wchodząc na boisko w 75. minucie.
2 września 2026 został wypożyczony z Legii Warszawa do słoweńskiego NK Maribor.
Kariera reprezentacyjna Petar Stojanović wystąpił w dwóch spotkaniach reprezentacji Słowenii U-16, czterech meczach reprezentacji tego kraju do lat 17, pięciu spotkaniach reprezentacji U-18 oraz zaliczył 4 występy w reprezentacji do lat 19.