Tytuł naukowy profesora nauk technicznych został mu nadany w 2004. W tym samym roku rozpoczął pracę na Wydziale Zarządzania macierzystej uczelni. W 2006 został kierownikiem Katedry Analizy Systemowej i Modelowania Cyfrowego. W 2006 został profesorem zwyczajnym AGH (od 1998 był profesorem nadzwyczajnym). W 2009 objął stanowisko kierownika w Katedrze Informatyki Stosowanej Wydziału Zarządzania AGH. Objął także stanowisko profesora zwyczajnego w Instytucie Politechnicznym Państwowej Wyższej Szkoły Zawodowej w Tarnowie, następnie został profesorem na Wydziale Politechnicznym Akademii Nauk Stosowanych w Tarnowie. W latach 1993–2001 wykładał również na Politechnice Opolskiej.
Odbył szereg staży zagranicznych, m.in. w Wielkiej Brytanii, Danii i Francji. Zainteresowania badawcze Jana Dudy dotyczą m.in. informatyki stosowanej, teorii systemów i modelowania matematycznego. Autor opracowania Modele matematyczne, struktury i algorytmy nadrzędnego sterowania komputerowego (2003).
Działalność publiczna Został członkiem Akademickiego Klubu Obywatelskiego im. Prezydenta Lecha Kaczyńskiego w Krakowie.