Pod koniec grudnia 2015 pomiędzy wiaduktami WK2 (nad linią nr 202) a WK3 (nad al. Grunwaldzką) doszło do obsunięcia się ziemi na nasypie, przez co konieczne było tymczasowe zamknięcie południowego toru w tym rejonie. 18 marca 2016 przywrócono w tym miejscu ruch pociągów po obu torach. Naprawa została wykonana przez Budimex w ramach gwarancji.
W nocy z 14 na 15 lipca 2016 w Gdańsku miała miejsce wielka ulewa, w wyniku której doszło do osunięć wierzchniej, ochronnej warstwy nasypów kolejowych, które dotknęły łącznie 21 procent całkowitej powierzchni skarp i nasypów linii PKM, przez co ruch został całkowicie wstrzymany i wprowadzono zastępczą komunikację autobusową. Oprócz spływów powierzchniowych warstwy osłonowej nasypu doszło również do odsłonięcia kabli, podmycia studzienek, zerwania korytek odwodnieniowych, zamulenia koryt odwodnieniowych, zanieczyszczenia tłucznia itp. Łącznie doszło do 688 usterek, z których 56 wymagało naprawy przed przywróceniem ruchu pociągów. 19 lipca przywrócono ruch pociągów na odcinku Gdańsk Osowa – Gdańsk Port Lotniczy. 12 sierpnia rozpoczęły się właściwe prace naprawcze, a 31 sierpnia testy linii przed jej ponownym uruchomieniem, które nastąpiło 4 września (na odcinku od Brętowa do Strzyży ruch odbywał się jednotorowo).