24 maja 1939 roku Fleet Air Arm wróciło pod kontrolę AdmiralicjiFleet Air Arm Officers' Association – Notable Dates i zostało po raz pierwszy nazwane Powietrznym Ramieniem Royal Navy (FAA RN). W chwili wybuchu II wojny światowej Fleet Air Arm składało się z 20 dywizjonów z zaledwie 232 samolotami. Pod koniec wojny na ogólnoświatową potęgę Fleet Air Arm składało się 59 lotniskowców, 3700 samolotów, 72 000 personelu i 56 stacji lądowych.
W czasie wojny FAA działało przy użyciu samolotów myśliwskich, torpedowych, bombowych i rozpoznawczych. Po ewakuacji Dunkierki, a tuż przed bitwą o Anglię Royal Air Force stanęła w obliczu braku pilotów. W lecie 1940 roku RAF miała niewiele więcej niż 800 pilotów myśliwskich, a w czasie bitwy braki te jeszcze się zwiększały. Brakowało pilotów, obsługi naziemnej, snu, a samolotów nieprzyjacielskich było dużo. W tej krytycznej sytuacji RAF była zmuszona zwrócić się do Admiralicji o pomoc. Podczas bitwy wielu niekwestionowanych bohaterów RAF Fighter Command wywodziło się z Fleet Air Arm;