II wojna światowa Po wybuchu II wojny światowej Niemcy zajęli budynek szkolny, a gimnazjum i liceum umieszczono w wynajętym domu przy ul. Piłsudskiego 14, zaś szkołę powszechną przy ul. Piłsudskiego 3. W dniu 09.01.1940 r. władze policyjne zamknęły szkołę, zakazując dalszej nauki. Dzięki inicjatywie i dobrej woli nauczycieli, młodzieży i rodziców powstały tajne komplety nauczania, które w lutym 1940 r. włączono w sieć tajnego nauczania w Generalne Gubernatorstwo.
Jadwiga Cyrańska objęła kierownictwo kompletów Gimnazjum i Liceum Marii Gajl. Szkoła powszechna funkcjonowała nadal do czerwca 1941 r., a po jej zamknięciu do kompletów gimnazjum dołączono dzieci z klasy VI. Od czerwca 1940 do stycznia 1945 na kompletach szkoły Marii Gajl 59 osób ukończyło II klasę liceum humanistycznego, matematyczno-fizycznego lub klasycznego, a 132 osoby ukończyły IV klasę gimnazjum. Należy wyróżnić szczególnie Mieczysławę Będzińską i Irenę Bogdańską, które pracowały z wielkim oddaniem i narażeniem życia.
Po zakończeniu wojny szkoła powróciła do budynku przy ul. Traugutta 44.