Władcą Sycylii został Fryderyk II (1296–1337) z Aragonii, a południowe Włochy pozostały w rękach Andegawenów. Po jego śmierci królestwo podupadło, utraciło autonomię, dołączając do korony Aragonii w 1412 roku, a następnie do Hiszpanii.
W 1442 Alfons V Aragoński (1396–1458) zjednoczył Sycylię z królestwem Neapolu. Za rządów hiszpańskich wprowadzono inkwizycję, wypędzono Żydów i podniesiono podatki. Pogarszające się warunki życia klasy średniej i niższej doprowadziły do buntów antyhiszpańskich. W XVIII wieku doszło do wojen o sukcesję – Sycylia przeszła w ręce sabaudzkie (1712–1718), następnie w ręce austriackie (1718–1734), a w 1735 rządy nad wyspą przejęli Burbonowie. Wyspa była siedzibą dworu burbońskiego w okresie najazdu francuskiego (1799–1802) i panowania Napoleona (1806–1815). W 1812 przy wsparciu lorda Williama Bentincka (1774–1839), który dowodził siłami brytyjskimi na Sycylii podczas wojny na Półwyspie Iberyjskim, Sycylia otrzymała konstytucję na wzór angielski.
Królestwo Obojga Sycylii
W 1816 południowe Włochy i Sycylia zostały zjednoczone przez Ferdynanda I (1751–1825), tworząc Królestwo Obojga Sycylii.