Aktualnie funkcjonują dwie teorie. Pierwsza mówi, że współczesny flet indiański powstał w wyniku podpatrzenia przez rdzennych mieszkańców Ameryki konstrukcji europejskiego fletu prostego lub organów kościelnych, a konstrukcja tych instrumentów została przeniesiona na flet indiański i ten rodzaj fletu pojawił się dopiero w okresie kolonizacji Ameryki. Druga teoria mówi, że flet indiański jest efektem ewolucji, na którą nie miała wpływu kultura europejska. Teorię tę zdaje się potwierdzać kultura budowania fletów dwukomorowych kanałowych z River Cane oraz bambusa w Ameryce Północnej.
Budowa 360px|thumb|Budowa zewnętrzna fletu indiańskiego
Flet indiański jest fletem dmukomorowym. Powietrzne wdmuchiwane jest przez ustnik do pierwszej, przedniej komory powietrznej, zwanej komorą wolnego powietrza (ang. Slow Air Chamber, w skrócie SAC). W niektórych fletach komora ta pełni funkcję dodatkowego rezonatora, nadając instrumentowi specyficzne brzmienie.
Z pierwszej komory powietrze kierowane jest do kompresującego kanału powietrznego, zamykanego od góry przez „blok”. Blok to kawałek drewna, czasem rzeźbiony na kształt zwierzęcia.