Protestantyzm w Malezji – wyznawany jest przez 4,4% społeczeństwa, to jest ponad 1,2 miliona osób. Największe wyznania stanowią: metodyści, anglikanie, ewangelikalni, zielonoświątkowcy (206 tys.), adwentyści dnia siódmego, baptyści, kalwini i bracia plymuccy.
Historia Anglikanie przybyli w 1809 roku, a w 1816 rozpoczęli pierwszą szkołę anglojęzyczną. James Brooke zaprosił pierwszych misjonarzy SPG w 1848, a potem uzupełnił misjonarzami CMS z Anglii i Australii. Kładli duży nacisk na edukację w 59 szkołach podstawowych i 6 gimnazjach. Istnieją obecnie trzy diecezje misyjne w Malezji pod Arcybiskupstwem Canterbury.
Londyńskie Towarzystwo Misyjne wysłało swojego pierwszego misjonarza w 1814 roku. Ideą ich misji było założenie Koledżu Anglo-Chińskiego w celu szkolenia misjonarzy. Misjonarze mieli przedostać się do Chin, do których w tamtym czasie dla Europy był ograniczony dostęp. Misja została zakończona w 1843 roku kiedy Europejczycy dostali otwartą drogę do Chin.
Pierwsi misjonarze prezbiteriańscy nie osiągnęli w misji wielu sukcesów. Główną przeszkodą dla wzrostu Kościoła było ograniczenie spowodowane ich działalnością na obszarach mniej zaludnionych na wschodnim wybrzeżu. Jednak od 1970 do 1990 roku podwoiła się liczba członkostwa.