Poszukiwany listem gończym, aresztowany został w Londynie 29 stycznia 1679 roku, na skutek denuncjacji dla nagrody 50 funtów. Dołączył do pomówionych przez Tytusa Oatesa o udział w spisku i uwięziony w więzieniu Newgate.
Stanął przed trybunałem pod zarzutem udziału w rzekomym tajnym porozumieniu mającym na celu zabójstwo protestanckiego króla Karola II wraz z Tomaszem Whitbreadem, Janem Fenwickiem, Wilhelmem Harcourtem i Antonim Turnerem. 13 czerwca w Old Bailey, za współudział w „spisku” wszyscy oskarżeni zostali skazani na śmierć przez powieszenie, wybebeszenie i poćwiartowanie. Wyrok wykonano 20 czerwca 1679 roku. Wszyscy skazańcy odrzucili ułaskawienie warunkowane przyznaniem się do winy, a następnie pogrążyli się w modlitwie. Pochowani zostali na przykościelnym cmentarzu St Giles in the Fields.
Znaczenie Relacja z procesu i skazania pięciu jezuitów „Za zdradę stanu przez spisek na życie króla i działalność wywrotową przeciwko władzy i religii protestanckiej" został opublikowany w Londynie w 1679 roku.
Jan Gavan ze współtowarzyszami beatyfikował papież Pius XI 15 grudnia 1929.
Relikwie męczennika znajdują się na terenie St Giles in the Fields.
Wspomnienie liturgiczne błogosławionego męczennika w Kościele katolickim obchodzone jest w Dies natalis (20 czerwca).