W 1875 w Turcji rozpoczął się kryzys finansowy, kraj dotknęła także klęska głodu. W ich efekcie w maju 1876 w Bułgarii wybuchło powstanie kwietniowe, a w rok później – kolejna wojna rosyjsko-turecka. W konsekwencji prace na nieukończonych odcinkach zostały wstrzymane, a wielu robotników zostało powołanych do wojska. W wyniku działań wojennych połączone siły rosyjsko-bułgarsko-rumuńskie zajęły sporą część linii aż do okolic Edirne, w tym główną stację techniczną w Filibe. Ostatecznie kongres berliński zatwierdził niepodległość Królestwa Rumunii, Królestwa Serbii i Królestwa Czarnogóry, zaś Bośnię i Hercegowinę przekazano pod zarząd Austro-Węgier a Księstwo Bułgarii pod kuratelę Rosji Kongres zajął się także powstającymi Kolejami Orientalnymi i przekazał zarząd nad nimi specjalnej komisji złożonej z przedstawicieli Austro-Węgier, Serbii, Bułgarii i Turcji.
Zmiana przebiegu tras thumb|Afisz reklamowy z 1898 roku zachwalający podróż Orient Expressem i atrakcje turystyczne wzdłuż trasy Kolei Orientalnych Baron Hirsch przeniósł siedzibę firmy do Wiednia. W grudniu 1882 międzynarodowa komisja zadecydowała o wznowieniu prac, jednak w kolejnym roku podjęła decyzję o zmianie przebiegu trasy.