22 września 2016 Sąd Najwyższy oddalił skargę partii i podtrzymał decyzję Państwowej Komisji Wyborczej o odrzuceniu sprawozdania finansowego z wyborów w 2015 w wyniku niezgodnego z prawem przelania 2 mln złotych z konta partii na konto komitetu wyborczego. Nowoczesna straciła na rzecz Skarbu Państwa zakwestionowaną przez PKW kwotę, a także 75% (4,65 mln zł) rocznej subwencji na działalność partii politycznych i 75% dotacji podmiotowej, którą miała otrzymać w związku ze zdobytymi mandatami poselskimi. Odpowiedzialny za błędny przelew Michał Pihowicz zrezygnował z funkcji skarbnika partii.
W kwietniu 2017 Nowoczesną opuściło czworo posłów, którzy przeszli do klubu parlamentarnego PO. W tym samym miesiącu Ryszard Petru ustąpił z funkcji przewodniczącego klubu poselskiego, a zastąpiła go Katarzyna Lubnauer. W październiku tego samego roku z Nowoczesnej odszedł konserwatywny poseł Zbigniew Gryglas, ze względu na różnice m.in. w kwestiach światopoglądowych (w listopadzie współtworzył on partię Porozumienie, zostając jej wiceprezesem).