Areszt śledczy opuścił 14 czerwca 2022 roku.
186 zarzutów karnych w 2021 roku W międzyczasie w 2021 Prokuratura Okręgowa w Kielcach skierowała do sądu akt oskarżenia, w którym znalazło się 186 zarzutów obejmujących, m.in. zarzuty zniesławienia, znieważanie Prezydenta RP, znieważanie funkcjonariusza publicznego, stosowanie gróźb karalnych i wymuszenia czynności urzędowych.
Działanie na szkodę spółki Viamot 6 marca 2019 roku stanął przed Sądem Okręgowym w Krakowie wraz ze swoją żoną, synem oraz sześcioma pozostałymi oskarżonymi o spowodowanie strat w spółce Viamot sięgających 42 mln złotych w postaci środków pieniężnych i nieruchomości. W sprawie uczestniczyli także oskarżyciele posiłkowi, m.in. firmy Autospectrum, Iveco Poland, Serpol, PGE Obrót oraz Marszałek Województwa Małopolskiego. 25 marca 2025 roku Stonoga został uznany winnym działania na szkodę Viamotu i wymierzono mu nieprawomocnie karę 4,5 roku więzienia, 50 tys. zł grzywny i 10-letniego zakazu zajmowania stanowisk w spółkach handlowych.
Pozostałe sprawy W 2011 roku został on skazany na karę roku ograniczenia wolności za naruszenie nietykalności cielesnej policjanta, oraz ukarany karą 2 tysięcy złotych grzywny za znieważenie policjanta i ucznia gimnazjum.