Z kolei we współpracy z Instytutem Badawczym Ministerstwa Leśnictwa (prof. Bolesław Hryniewiecki) prowadziła badania zmienności rodzimych gatunków dębu, grabu i buka, których wyniki opublikowała w kilku artykułach w latach 1932–1936. Analizowała także przeszłość tych gatunków drzew, w wyniku czego opublikowała swoją pierwszą pracę paleobotaniczną pt. Co to jest Fagus feroniae Unger (1934). Na zlecenie Państwowego Instytutu Geologicznego (prof. geologii Jan Czarnocki) zgromadziła w 1937 r. florę mioceńską w Zaleścach koło Wiśniowca na Wołyniu. Jej opracowanie ukazało się dopiero po II wojnie światowej. Tematyka ta ukierunkowała jej dalsze zainteresowania badawcze na paleobotanikę.
Badania flory kopalnej Turowa mały|alt=Zdjęcie ubranej na jasno Hanny Czeczottowej z grupą górników|Hanna Czeczottowa wraz z górnikami w kopalni węgla w Turoszowie 1965 r. W 1947 roku odkryła trzeciorzędową florę kopalną na terenie kopalni węgla brunatnego „Turów” w Turoszowie (noszącego do 1958 nazwę Zatonie). Zorganizowała i od 1948 r. kierowała zakrojonymi na szeroką skalę zespołowymi badaniami tej flory, z ramienia Muzeum Ziemi PAN. Celem badań było ustalenie przynależności botanicznej szczątków roślin, określenie wieku kopalnej flory oraz odtworzenie zbiorowisk węglotwórczych.