W 1605 monaster został zniszczony przez pożar. Odbudowa drewnianej cerkwi Ikony Matki Bożej „Hodegetria” trwała do 1644, zaś jej poświęcenie miało miejsce pięć lat później. W latach 1649–1652 bojar Boris Morozow ufundował w kompleksie monasterskim kamienny sobór Zmartwychwstania Pańskiego, w której wystawiono dla kultu relikwie Cyryla Nowojezierskiego, uznanego za świętego. W 1685 carewna Zofia ufundowała cerkiew Smoleńskiej Ikony Matki Bożej z refektarzem. Do końca stulecia zbudowano również nadbramną cerkiew św. św. Piotra i Pawła oraz cerkiew św. św. Zachariasza i Elżbiety połączoną z budynkiem mieszkalnym dla mnichów. Całość otoczona była murem obronnym z basztami w narożnikach.
Podobnie jak inne monastery na północy państwa moskiewskiego, monaster św. Cyryla Nowojezierskiego był wspierany finansowo przez książąt moskiewskich, a następnie carów. Równocześnie wszystkie północne klasztory były zobowiązane utrzymywać pułki strzeleckie oraz brać udział w finansowaniu wojska i wykupu jeńców z niewoli. Szczególnie hojne dary przekazali wspólnocie Iwan IV Groźny i Piotr I Wielki. Dzięki wsparciu rządzących monaster stał się jednym z najważniejszych ośrodków gospodarczych i kulturalnych w regionie. Sytuacja materialna klasztoru znacznie pogorszyła się w końcu XVII i w XVIII w.