W okresie Królestwa Galicji władze cesarskie cyrkułu sanockiego przejęły część pomieszczeń klasztornych i utworzyły w nich areszt, wobec stałego braku więzienia na terenie miasta i tzw. sąd cyrkularny (powiatowy). Ostatni więźniowie opuścili mury klasztorne z chwilą oddania do użytku domu więziennego, co nastąpiło 1 października 1887. Zarząd nad tą placówką aż do 1924 sprawował sąd, którego główny gmach oddano w roku 1895, władze sądownicze zapewniały także obsadę kadrową.
Przy utworzonym w 1887 C. K. Sądzie Obwodowym w Sanoku działali komendanci więzienia (etatowi sędziowie): Michał Chorzemski, Roman Jamiński (1890, 1891, 1891, 1892, 1893, 1894), Józef Paszkiewicz (1912). Na przełomie XIX/XX wieku lekarzem więziennym przy C. K. Sądzie Obwodowym w Sanoku był dr Karol Zaleski. Na terenie więzienia regularnie zdarzały się przypadki zachorowań chorób zakaźnych, którymi ofiarami były zatrudnione tam osoby. W maju 1888 w gmachu sądu wybuchła epidemia tyfusu, w wyniku której zmarło kilka osób. W Sanoku działało miejscowe Towarzystwo Opieki nad Więźniami, które ze swoich składek udzielało wsparcia osadzonym po odbyciu przez nich kary w sanockim więzieniu.