Wskutek masowych zatrzymań, liczba osadzonych w więzieniu w Sanoku w kwietniu 1940 wynosiła 619, a pod koniec czerwca 1940 już 1564 osoby wobec przewidzianego limitu 220 osób (w celach przeznaczonych dla 6 osób przebywało ok. 50–60 ludzi). Wobec przepełnienia więzienia władze niemieckie podjęły działania celem rozładowania stanu osadzonych, wywożąc 4 marca 1940 w pierwszym transporcie do Krakowa 29 osób, 12 marca 1940 w drugim transporcie do Krakowa 45 osób, 14 czerwca 1940 kilkudziesięciu Polaków do Tarnowa skierowanych następnie w tzw. pierwszym transporcie więźniów do obozu koncentracyjnego KL Auschwitz. 5 lipca 1940 z więzienia wywieziono grupę skazanych na karę śmierci osób, z których 112 zostało rozstrzelanych przez Niemców na górze Gruszka. W późniejszym czasie nadal kontynuowano transporty więźniów z Sanoka do innych miejsc osadzenia (Tarnów), w tym do obozów zagłady, zaś ostatni z większych z transportów w tym okresie miał miejsce 8 sierpnia 1940, gdy wywieziono 197 do Tarnowa. Ponowne wzmożenie aresztowań i związanych z tym wywózek z więzienia w Sanoku do obozu w Auschwitz nastąpiło w latach 1941–1943. W przeciągu 1942 roku z więzienia zbiegło również ok. 30 zatrzymanych, z których większość została ponownie aresztowana.