Na przełomie czerwca i lipca 1938 wojewoda lwowski Alfred Biłyk oświadczył prezydentowi Niemierskiemu utratę do niego zaufania, wskutek „mało przychylnego ustosunkowania się do władz miejscowego OZON-u” i „niepokoju wniesionego do miejscowej KKO” oraz zasugerował mu rezygnację z urzędu, co Niemierski odrzucił; następnie Rada Miasta Rzeszowa uchwaliła wotum zaufania dla prezydenta, po czym został wydany odgórnie reskrypt zawieszający go w urzędowaniu, w wyniku czego władzę w Rzeszowie objął dotychczasowy wiceprezydent miasta.
W Rzeszowie Jan Niemierski działał społecznie: 16 lutego 1935 został członkiem zarządu Obwodu Powiatowego Ligi Obrony Powietrznej i Przeciwgazowej, w 1935 pełnił funkcję przewodniczącego rady Komunalnej Kasy Oszczędności w Rzeszowie, był kierownikiem oddziału Ligi Morskiej i Kolonialnej (wiceprezesem był płk Stanisław Siuda, dowódca stacjonującego w mieście 17 pułku piechoty), prezesem Towarzystwa Oświaty Zawodowej, 19 kwietnia 1936 został wybrany przewodniczącym zarządu Towarzystwa Szkoły Rzemiosł, 22 kwietnia 1936 został przewodniczącym zarządu komisarycznego zarządu powiatowego Związku Strzeleckiego, przewodniczył Towarzystwu Rozwoju Ziem Wschodnich, Radzie Chrześcijańskiej Gminy miasta Rzeszowa.