W marcu 1932 roku został przeniesiony do Powiatowej Komendy Uzupełnień Kamionka Strumiłowa na stanowisko komendanta.
Latem 1939, w obliczu zagrożenia wybuchem konfliktu zbrojnego, brał udział w przygotowywaniu umocnień w gminie Jeleśnia. Po wybuchu II wojny światowej i klęsce w kampanii wrześniowej zaangażował się w działalność konspiracyjną. Podczas trwającej okupacji niemieckiej był członkiem Organizacji Wojskowej – Zbrojne Pogotowie Narodu Ruchu „Miecz i Pług”. Od lutego 1944 pełnił funkcję komendanta Armii Podziemnej Ruchu „Miecz i Pług” (funkcjonował pod pseudonimami „Turowicz”, „Jasiek”, „Światowid”). W połowie 1944 występując w stopniu pułkownika czasu wojny ze strony „MiP” podpisał dokument potwierdzający scalenie połączone Narodowe Siły Zbrojne i „Miecz i Pług” z Armią Krajową. Jacek Wilamowski wskazał fakt współpracy szefów Ruchu „Miecz i Pług” z Gestapo, podając, iż Jan Kubin (kierownik organizacji wojskowej w Krakowie) i Tadeusz Fedorowicz ps. „Ran”, zostali aresztowani przez Niemców, a następnie zwolnieni z równoczesnym poinformowaniem, że wychodzą na wolność wskutek uzgodnień pomiędzy Gestapo i centralnymi władzami „MiP”. Jan Kubin uczestniczył w powstaniu warszawskim.