Wiele gatunków grzybów naporostowych jest znanych tylko z jednego gatunku porostu-żywiciela, ale jest prawdopodobne, że w miarę dalszych badań zostaną odkryte również inne gatunki porostów, na których one występują. Występują na wszystkich kontynentach, w tym na Antarktydzie. Najwięcej gatunków stwierdzono w Ameryce Północnej i Europie, gdyż są to regiony najlepiej zbadane. Afryka, Ameryka Południowa, Azja i Afryka są jednak słabo zbadane mykologicznie, należy więc spodziewać się znalezienia na nich jeszcze wielu nowych gatunków. Np. grzyby naporostowe Ameryki Południowej zaczęto badać dopiero w 2000 roku, a jest to region bogaty w gatunki.
Do 2003 r. opisano 1800 gatunków grzybów naporostowych, szacuje się, że ich łączna liczba na świecie wynosi około 3 tysięcy. W 2018 r. opisano już 2319 gatunków, z czego 2000 gatunków, podgatunków lub odmian to wyłącznie grzyby naporostowe, pozostałe to fakultatywnie grzyby naporostowe. Gatunki te występują w 10 różnych klasach grzybów należących do typów workowce (Ascomycota) i podstawczaki (Basidiomycota), 55 rzędach, 115 rodzinach i 397 rodzajach. Wśród opisanych gatunków 96% należało do workowców, 4% do podstawczaków. Są filogenetycznie zróżnicowane, zarówno w obrębie workowców, jak i podstawczaków. Są wśród nich zarówno grzyby wielkoowocnikowe, jak i grzyby mikroskopijne.