thumb|Ławrientij Beria ze Swietłaną, córką siedzącego z tyłu Stalina 25 listopada 1938 miejsce ludowego komisarza spraw wewnętrznych objął Ławrientij Beria. Beria jak jego poprzednik zaczął od rozprawienia się z ekipą swojego poprzednika, tj. Nikołaja Jeżowa. Zostali oni wysłani w podróże w teren z nowymi zadaniami, lecz już na pierwszej stacji kolejowej byli wyciągani z pociągów i transportowani do więzień NKWD, które jeszcze nie tak dawno sami nadzorowali. Po rozprawie z ludźmi Jeżowa, Beria zajął się wyhamowaniem tzw. jeżowszczyzny. Zmniejszyły się aresztowania i deportacje na Sybir, lecz nie ustały całkowicie. Na początku marca 1940 w Zakopanem miała miejsce wspólna konferencja NKWD i Gestapo, na której omówiono metody pracy operacyjnej przeciwko polskiemu podziemiu i wymieniono się informacjami, Sowieci wydali Niemcom zbiegłych komunistów niemieckich i austriackich.

Po zajęciu przez Związek Radziecki Litwy, Łotwy, Estonii oraz części Polski, Ławrientij Beria na polecenie Stalina nadzorował i kierował aresztowaniami i deportacjami w głąb ZSRR setek tysięcy obywateli tych państw. Ponosi bezpośrednią odpowiedzialność za zbrodnię katyńską. Beria stał na czele NKWD aż do 29 grudnia 1945.