Z małżeństwa z Ludwiką Werner miał syna Henryka Ferdynanda Hoyera (1864–1947). Zmarł na gruźlicę kości 3 lipca 1907 roku w Warszawie. Pochowany jest na cmentarzu ewangelicko-augsburskim (aleja C, grób 64) śp. Henryk Fryderyk Hoyer. W Inowrocławiu w miejscu rodzinnego domu wmurowano w 1962 roku upamiętniającą go tablicę pamiątkową.
Wybrane prace De tunica mucosa narium structura. Berlin, 1857 ''Histologia ciała ludzkiego. Warszawa: Cesarsko-Królewska Warszawska Medyko-Chirurgiczna Akademia, 1862 O nervah rogovoj oboločki. Varšava: 1871 Przyczynek do techniki histologicznej. Gazeta Lekarska, 1882 O nastrzykiwaniu naczyń śledziony dla badań histologicznych. Gazeta Lekarska, 1887 Beitrag zur Kenntniss der Lymphdrüsen. Archiv für mikroskopische Anatomie 34, s. 208-224, 1889 Ueber den Nachweis des Mucins in Geweben mittelst der Färbemethode. Archiv für Mikroskopische Anatomie 36, s. 310-374, 1890 Pogląd teoretyczny na przeciwgruźliczy środek Koch'a. Gazeta Lekarska, 1891 Spostrzeżenia uzasadniające teoryę o pasożytniczem pochodzeniu chorób zakaźnych. Wszechświat, 1893 Zur Histologie der capillaren Venen in der Milz. Anatomischer Anzeiger, 1900 Przypisy