Powstanie ogrodu botanicznego na terenach Chmielnickiego Uniwersytetu Narodowego wsparł ówczesny prezydent Chmielnickiego Mykoła Prystupa, który zafundował ten projekt z funduszy Rady Miejskiej. Projekt ogrodu został opracowany przez chmielnicki oddział zakładu Lwiwdiprowodgosp (ukr. Львівдіпроводгосп). Prace nad zazielenieniem rozpoczęły się jesienią 2002 roku, kiedy obok 4. gmachu uniwersytetu zostały założone klomby i wysadzone nowe gatunki roślin.
W roku 2003 zostały przeprowadzone główne prace budowlane i agrotechniczne: wyczyszczono klastery wodne, zamontowano system nawadniania, wybudowano ścieżki, zainstalowano ogrodzenie metalowe o długości 1407 metrów. Do realizacji projektu dostarczono 80 m³ kamieni i ponad 2 tysiące m³ gruntu.
O założeniu ogrodu ogłoszono 30 października 2003 roku. Wtedy zostały wysadzone pierwsze rośliny kolekcji: leszczyna turecka, magnolia japońska, metasekwoja chińska, świerk kłujący, które zostały podarowane chmielniczanom przez Narodowy Ogród Botaniczny Narodowej Akademii Nauk Ukrainy, park Zofiówka w Humaniu, ogród botaniczny Narodowego Uniwersytetu Leśnictwa Ukrainy i ogród botaniczny Uniwersytetu Lwowskiego im. Iwana Franki.