31 sierpnia 2015 podczas II sesji Kapituły Generalnej został wybrany na biskupa naczelnego Kościoła Starokatolickiego MariawitówKomunikat z II sesji Kapituły Generalnej, (Oficjalna strona Kościoła Starokatolickiego Mariawitów w RP) (dostęp: 5.12.2020).
11 lutego 2023 Kapituła Generalna Kościoła Starokatolickiego Mariawitów podjęła uchwałę o zakończeniu kadencji Biskupa Naczelnego bp. M. Karola Babiego, z zachowaniem funkcji biskupa diecezji warszawsko-płockiejKOMUNIKAT.
5 września 2023 Kapituła Generalna ukarała bp. Babiego za niegospodarność, naruszanie procedur finansowych, jednoosobowe podejmowanie decyzji finansowych i prowadzenie działań niezgodnych z interesem Kościoła zawieszeniem w pełnieniu funkcji biskupich od 15 października 2023. Kara obejmuje zakaz noszenia insygniów urzędu (krzyż, mitra, pastorał) i sprawowania sakramentów zastrzeżonym biskupom, a także uczestniczenia w uroczystościach kościelnych i państwowych oraz reprezentacji Kościoła wobec władz.