W porze suchej z uwagi, iż część tego jeziora jest płytka głębokość wody w okolicach wysp wynosi około 1 m.
Zapatera pokryta jest gęstą roślinnością oraz licznymi wzniesieniami z czego najwyższe nosi nazwę Cerro Grande(wyłączając stożek wulkanu). Rozwój roślinności na wyspie, w ostatnich latach spadł z powodu wycinania lasów i pastwisk. Wyspa zawiera gorące źródła, strumienie, a po jej północnej stronie znajduje się laguna o średnicy około 600 m. Wokół wyspy znajduje się ponad 10 małych wysepek w tym El Muerto, Jesús Grandes, El Platano i El Armado stanowiąc razem archipelag Zapatera.
Nieaktywny wulkan zlokalizowany na wyspie wznosi się na 639 m n.p.m. i tworzy w centralnej części wyspy kalderę o średnicy 2 km.
Znaczenie archeologiczne Zapatera i wyspy satelitarne kryją ogromne ilości pozostałości po obecności ludzi z okresu prekolumbijskiego, dzięki badaniom znaleziono wiele posągów, petroglifów, ceramiki i wiele innych artefaktów z tego okresu. Pierwsze odkrycia petroglifów oraz 15 posągów miały miejsce w 1849, natomiast pierwsze wykopaliska były prowadzone przez szwedzką przyrodnik Carl Bovallius w 1883, która odkryła na wyspie 25 posągów.