Wydawnictwo PETRUS powstało w Krakowie 21 kwietnia 2008 roku. Jego dyrektorem jest obecnie dr Paweł Piotrowski. Pierwszymi publikacjami Wydawnictwa PETRUS, które ukazały się niemal w jednym czasie (czerwiec 2008 rok), były: Zwycięstwo Jana III Sobieskiego pod Wiedniem (Michał Rożek), Reinkarnacja i wędrówka dusz (Andrzej Zwoliński), Odpoczynek ze św. Pawłem (MarekStarowieyski) i Etyczny problem samobójstwa (Tadeusz Ślipko). Wydanie ich nie było przypadkowe, jako że w 2008 roku Polska obchodziła 325 lecie Odsieczy Wiedeńskiej a 29 czerwca 2008 roku rozpoczął się z inicjatywy papieża Benedykta XVI Rok św. Pawła Apostoła. Kolejne tytuły, które powstawały w wydawnictwie, to Filozofia nauki (Michał Heller) i Medytacje filozoficzne (Józef Życiński) a następnie Niezrozumiałe fragmenty Biblii (Tomasz Maria Dąbek OSB), Trudne miejsca w Biblii (Jerzy Chmiel) oraz Religia Izraela wobec religii państw ościennych (Tomasz Jelonek). Pierwsze dziesięć tytułów, jakie ukazały się w ciągu trzech pierwszych miesięcy, nadały wyrazisty profil Wydawnictwu PETRUS: historia, filozofia (etyka), religioznawstwo i teologia (biblistyka).