W referendum z 5 lipca 2015 roku nakłaniał Greków, by odmówili zagranicznej pomocy na warunkach proponowanych przez instytucje europejskie. Następnego dnia po referendum podał się do dymisji, gdyż – jak powiedział – ministrowie finansów strefy euro uważali jego obecność na swoich posiedzeniach „za niemile widzianą”. Wyraził też pogląd o całkowitym kontrolowaniu przez Niemcy Eurogrupy. Po podpisaniu porozumienia o kolejnym pakiecie pomocowym z 15 lipca głosował przeciw jego przyjęciu. Warunków porozumienia nie poparło łącznie 38 posłów klubu Syriza.
W lutym 2016 roku zainicjował powołanie lewicowej paneuropejskiej organizacji politycznej DiEM25. W marcu 2018 roku utworzył w Grecji partię polityczną MeRA25. W 2018 roku zapowiedział swój start w wyborach europejskich w następnym roku z Niemiec (nie uzyskał mandatu). W lipcu 2019 roku jego grecka partia przekroczyła natomiast próg wyborczy w wyborach krajowych, Janis Warufakis powrócił wówczas do Parlamentu Hellenów.
Życie prywatne Jest żonaty z artystką Danai Stratu, córką greckiego przemysłowca.