W 1942 został przewodniczącym grupy roboczej ds. radiosond Komisji Przyrządów Międzynarodowej Organizacji Meteorologicznej w Payerne. Następnie podjął pracę w szwajcarskim Instytucie Meteorologii, gdzie w latach 1945–1963 sprawował funkcję dyrektora.

W 1950 i 1956, z sukcesem, udało mu się porównać dwa pierwsze zapisy radiosond. W 1951 dzięki pracy i wysiłkom przede wszystkim J.F. Lugeona, Genewa została wybrana na siedzibę Międzynarodowej Organizacji Meteorologicznej. Był współorganizatorem szwedzko-fińsko-szwajcarskiej wyprawy do Murchison Bay na Spitsbergenie. J.F. Lugeon był założycielem, a następnie przewodniczącym i członkiem honorowym Szwajcarskiego Narodowego Komitetu URSI (Union Radio-Scientifique Internationale). W latach 1932–1963 sprawował funkcję przewodniczącego Komisji Elektryczności Atmosferycznej. W 1946 został profesorem tytularnym Politechniki w Zurychu. Tytuł doctora honoris causa nadała mu m.in. Politechnika Warszawska w 1957.

Profesor Jean Frédéric Lugeon zmarł 21 lutego 1976.