Od bulimii i zespołu napadowego objadania się (każde z tych rozpoznań wyklucza możliwość NES) zespół nocnego jedzenia odróżnia się brakiem zachowań kompensacyjnych, mniejszymi przyjmowanymi porcjami żywności i późniejszą porą posiłku. W BED nie występuje też poranna anoreksja, w przeciwieństwie do niekontrolowanego objadania się.
Z kolei od zaburzeń snu (w których pacjent, cały czas śpiąc, może wyjść z łóżka i spożywać pokarm) odróżnia go zachowanie świadomości. W SRED wstający może zjadać niezwykłe dlań kombinacje pokarmów, może nawet podejmować próby spożycia rzeczy, które w ogóle pokarmami nie są. Parasomnię wyróżnia także nieprawidłowy wynik polisomnografii. W NES badanie to może wykazać jedynie małą wydajność snu, zarówno zaś w BED, jak i w bulimii nie przedstawia żadnych odchyleń. SRED współistnieją też często z innymi zaburzeniami snu, czego nie można powiedzieć o NES.
W końcu należy też zwrócić uwagę, że u części osób jedzenie o późnej porze może stanowić wariant normy, związanej ze stylem życia ich, całej rodziny czy subkultury. Postępują tak też osoby pracujące w nocy (pracownikom takim również bez diagnozy NES zagraża otyłość).