Zasiadł on na tronie wyniesiony przez lud w wyniku udanego antyhiszpańskiego powstania 1 grudnia 1640, które obaliło Filipa III Habsburga.
Po wstąpieniu Jana II na tron tytuł księcia Bragança (wymiennie z tytułem księcia Beiry) zaczęto nadawać następcom tronu portugalskiego (porównaj: książę Asturii, książę Walii).
W 1822 Piotr, dziedzic tronu portugalskiego i regent Brazylii ogłosił jej niepodległość i został koronowany na cesarza, tym samym wprowadzając dynastię na tron nowego państwa. Jego ojciec Jan VI zasiadał w tym czasie na tronie europejskiej metropolii. Ostatnim panującym z dynastii na tronie portugalskim była Maria II, córka Piotra.
W 1836 Maria wyszła za Ferdynanda, księcia Saksonii-Coburga-Gothy. Ich potomstwo dało początek portugalskiej linii Koburgów. Rodzina ta utrzymała nazwisko Braganza dla swych potomków.
W Brazylii kres panowaniu Braganzów położył przewrót wojskowy, który 15 listopada 1889 obalił liberalne cesarstwo Piotra II, syna Piotra I. Starszą córką Piotra II była Izabela Brazylijska, księżniczka cesarska, która wyszła za mąż za Gastona Orleańskiego, hrabiego d’Eu – od nich wywodzi się linia Orleans e Bragança.