Konsystorz orzekał także w sprawach świeckich unitów skazanych prawomocnym wyrokiem za przestępstwo zagrożone, obok kary zasadniczej, dodatkową karą kościelną. Podstawą kompetencji konsystorza w tym zakresie były przepisy Kodeksu Kar Głównych i Poprawczych. Ponadto właściwymi sprawami do rozpatrywania przez konsystorz były kwestie małżeńskie unitów (unieważnienie małżeństwa, rozwody).
Reorganizacja konsystorza i jego rozwiązanie Konsystorz podczas swojego funkcjonowania kilkakrotnie poddawany był reorganizacjom. W latach 1827–1830 pojawiają się asesorowie honorowi. Pod koniec lat dwudziestych w skład konsystorza wchodzili także sędziowie surogaci (powoływano na nich zazwyczaj byłych asesorów konsystorza). Wyróżniony był także podział na członków "czynnych i płatnych", którzy pobierali uposażenie, a także na tych, którzy spełniali swoje funkcje honorowo. Na podstawie ukazu z roku 1866, prawo mianowania członków konsystorza posiadała Komisja Rządowa Spraw Wewnętrznych i Duchowych, zaś biskup mógł powoływać osoby na stanowiska kancelaryjne. Zabieg ten miał na celu doprowadzić do niezależności składu konsystorza od biskupa, a także sprzyjać miał przyszłemu włączeniu chełmskiej diecezji unickiej w skład Cerkwi prawosławnej.