W późniejszych latach kościół był niszczony i wielokrotnie grabiony. Odnotować należy najazd wojsk siedmiogrodzko-kozackich na przełomie lutego i marca 1657 roku. Trwająca 47 dni inwazja wojsk nieprzyjacielskich, doprowadziła do znacznych strat. Od 2 do 20 października 1672 roku ziemię przemyską pustoszył kolejny najazd tatarski. Na terenie ziemi przemyskiej operowały trzy większe grupy rajdowe, złożone z lekkiej kawalerii krymskiej, które powodowały znaczne straty materialne i ludzkie. W czasie jednego z takich wypadów ordyńcy napadli na Piotraszówkę oraz inne wsie, pozostawiając po sobie zgliszcza.
Z wizytacji z 1721 roku wiadomo, że w kościele znajdowały się cztery ołtarze: główny z wizerunkiem patrona kościoła św. Klemensa; ołtarz z wizerunkiem Piety; ołtarz poświęcony św. Antoniemu Padewskiemu oraz ołtarz św. Józefa;
Wizytator odnotował rzeźbioną ambonę, krucyfiks w łuku tęczowym, stalle, tabernakulum oraz chrzcielnicę z rzeźbą św. Jana chrzciciela. W kościele znajdowały się rzeźbione ośmiogłosowe organy, a na wieży 4 dzwony i piąta sygnaturka na kościele, wymagająca naprawy. Z tego źródła czerpiemy również wiadomości na temat zasobności kościoła w szaty liturgiczne. Biskup skrupulatnie wyliczył 18 ornatów, 25 obrusów, 8 alb, 3 kapy, 20 korporałów.