W 1477 papież Sykstus IV przywrócił okręgi inkwizytorskie Padwy i Vicenzy w ręce franciszkanów. W 1530 niemal cała Marchia Trewizańska, w tym diecezja Padwy, zostały podporządkowane głównemu inkwizytorowi tej prowincji rezydującemu w Wenecji. Jednak w 1544 ponownie utworzono oddzielny trybunał dla diecezji padewskiej. Pierwszym inkwizytorem został Girolamo Girelli. W ciągu następnych kilku lat trybunał ten został zreformowany i zgodnie z regułami obowiązującymi w Republice Weneckiej w jego skład weszli także świeccy urzędnicy. W drugiej połowie XVI wieku trybunał padewski wszedł w skład struktur inkwizycji rzymskiej i został objęty nadzorem Kongregacji Świętego Oficjum w Rzymie.
W 1610/11, 1631 i 1736 inkwizytorzy Padwy prowadzili zakończone wyrokami śmierci procesy przeciwko osobom oskarżonym o sprawowanie Eucharystii bez święceń kapłańskich.
Kres istnieniu trybunału padewskiego położyła inwazja rewolucyjnej Francji na północną Italię w latach 1796–1797, w wyniku której Republika Wenecka przestała istnieć. Padwa weszła w skład proklamowanej w 1797 Republiki Cisalpińskiej.