Pozostałe gatunki o szerokich szczękach jak krokodyl błotny (C. palustris) i krokodyl syjamski (C. siamensis) wydają się być najbliżej spokrewnione spośród wszystkich żyjących gatunków.
Kwestia podgatunków i status kompleksu gatunkowego Obecnie większość źródeł nie różnicuje krokodyla różańcowego na podgatunki. Opierając się jednak głównie na różnorodności morfologicznej, istnieją też takie, które sugerują istnienie nie tylko podgatunków, ale występowania całego kompleksu gatunkowego zbudowanego na C. porosus. W roku 1844, S. Müller i H. Schlegel podjęli próbę opisania krokodyli z Jawy i Borneo jako nowego gatunku o nazwie C. raninus. Odnosząc się do Rossa (1992), C. raninus wyraźnie daje się odróżnić zarówno od krokodyla syjamskiego, jak i właściwego krokodyla różańcowego dzięki liczbie łusek brzusznych oraz czterech łusek zapotylicznych, których zwykle brak u krokodyli różańcowych. Inna propozycja wprowadzenia nowego gatunku (C. pethericki) nastąpiła w Australii i sformułowana została przez Wellsa i Wellingtona (1985). Obiektem badań były krokodyle z Australii o dużych ciałach, stosunkowo dużych szczękach i krótkich ogonach.