Muzeum Historii Naturalnej w Mediolanie (wł. Museo Civico di Storia Naturale di Milano) – muzeum w prowincji Mediolan, w regionie Lombardia, w północnych Włoszech. Jest to największe muzeum historii naturalnej we Włoszech, uznawane za jeden z najważniejszych obiektów tego typu w Europie. W 2008 r. odwiedziło je około 350 000 osób. Obecnie dyrektorem placówki jest Domenico Piraina.
Historia Muzeum zostało założone w 1838 r. na bazie obiektów przekazanych przez włoskiego kolekcjonera, Giuseppe De Cristoforisa oraz Giorgio Jana, botanika i zoologa pochodzenia węgierskiego. W kolejnych latach stopniowo poszerzano jego ekspozycje i gromadzono nowe zbiory. W 1844 r., podczas 6. Kongresu Włoskich Naukowców, placówka została otwarta dla publiczności, a jej dyrektorem został Giorgio Jan. Początkowo siedzibą muzeum był dawny klasztor św. Marty. W 1863 r. przeniesiono je do XVIII-wiecznego Palazzo Dugnani, a w 1907 r. - do specjalnie w tym celu wybudowanego w ogrodach Porta Venezia budynku. Twórcą projektów nowej siedziby był architekt Giovanni Ceruti.