Dzięki staraniom dowódcy batalionu we wrześniu 1919 roku batalion otrzymał jeden kompletny most systemu Roth-Wagnera i rozpoczął szkolenie w budowie składanych żelaznych mostów oraz wysłał żołnierzy na dalsze przeszkolenie do Jabłonny i Lwowa.
Z dniem 1 stycznia 1920 roku, w następstwie zjednoczenia Armii Wielkopolskiej z Armią Krajową, I Batalion Kolejowy został przemianowany na VI Batalion Kolejowy, a w chodzące w jego skład kompanie otrzymały kolejne numery 21-24. Pod względem ewidencyjnym VI baon został przydzielony do Kadry Wojsk Kolejowych Nr 3 w Łodzi.
W 1920 roku została utworzona piąta kompania. 3 stycznia 1920 roku 1 kompania została skierowana do dyspozycji Dowództwa Frontu Litewsko-Białoruskiego. 17 stycznia 1920 roku pozostałe kompanie zostały skierowane na Pomorze, gdzie pełniły służbę na czołowych odcinkach linii kolejowej Kcynia–Szubin-Bydgoszcz. 23 lutego 1920 roku dowództwo batalionu z 3 kompanią wyjechało na teren operacyjny Frontu Podolskiego. Początkowo pozostawało w dyspozycji dowództwa frontu, a następnie zostało przydzielone do dyspozycji 2 Armii. W kwietniu 1920 roku, przed wyprawą kijowską, zostało oddane do dyspozycji 3 Armii. 24 kwietnia 1920 roku batalion wyjechał z Sarn kierując się na wschód. 8 maja 1920 roku batalion dotarł do Kijowa.