Jego najwyższą władzą jest Walne Zebranie Członków, które wybiera na roczną kadencję zarząd, w skład którego od 14 czerwca 2026 wchodzą: Aleksandra Lelito – przewodnicząca; Zofia Jaworowska – wiceprzewodnicząca; Dominika Jankowska – skarbniczka; – sekretarzyni; Stanisława Witkowska – sekretarzyni; Maja Zaczyńska – członkini zarządu; Michał Pochna – członek zarządu.
Walne Zebranie wybiera także komisję rewizyjną (Jan Baran, Marcin Chlewicki, Marcelina Jukowska, Maja Wróblewska) oraz Sąd Koleżeński.
MJN swoje sekcje rozwija w 12 dzielnicach: Bemowie, Mokotowie, Ochocie, Pradze-Południe, Pradze-Północ, Śródmieściu, Ursusie, Woli, Ursynowie, Bielanach, Wesołej oraz Żoliborzu. W MJN funkcjonują także komisje tematyczne: ds. ochrony środowiska, komunikacji, infrastruktury i transportu, prawna.
W latach 2017–2025 siedziba MJN mieściła się w Warszawie na ul. Boduena 4. Od 2026 znajduje się pod adresem ul. Marszałkowska 140/62c.
Nazwa organizacji inspirowana była przebojem Abradaba, pt. Miasto Jest Nasze