Udział w organizacji nauki Profesor Józef Piszczek był jednym z twórców powstałej w 1954 Wyższej Szkoły Rolniczej w Szczecinie i jednym z pierwszych jej pracowników. Zorganizował Katedrę Gleboznawstwa, której był kierownikiem do 1967. Był rektorem tej uczelni w latach 1959–1964 oraz 1966–1967, a w latach 1956–1959 – dziekanem Wydziału Rolniczego60 lat Wydziału Kształtowania Środowiska i Rolnictwa Zachodniopomorskiego Uniwersytetu Technologicznego w Szczecinie 1954–2014. s. 234–235. .50 lat Wydziału Kształtowania Środowiska i Rolnictwa Akademii Rolniczej w Szczecinie. Red. S. Dzienia. Dziekanat Wydziału Kształtowania Środowiska i Rolnictwa. Wyd. I. Szczecin 2004, s. 127. ISBN 83-7317-065-0..
Uczestniczył w gremiach naukowych: był członkiem Komitetu Gleboznawstwa i Chemii Rolnej Polskiej Akademii Nauk (1957–1967), Rady Naukowo-Technicznej przy Ministrze Rolnictwa (1959–1965), Zespołu Doradców Naukowych przy Centralnym Zakładzie Kartografii IUNG (1960–1966). Współorganizował i jako pierwszy przewodniczył Szczecińskiemu Oddziałowi Polskiego Towarzystwa Gleboznawczego. Należał także do Międzynarodowego Towarzystwa Gleboznawczego, Polskiego Towarzystwa Geologicznego, Polskiego Towarzystwa BotanicznegoMonika Myśliwy, Zofia Sotek, Helena Więcław, Marcin Wilhelm. Oddział Szczeciński (1955). w: A. Mostowska, A. Rostański, A.