Sobibór Podobnie jak wielu innych uczestników akcji T4 otrzymał przydział do personelu akcji „Reinhardt”. W marcu lub w kwietniu 1942 roku rozpoczął służbę w nowo utworzonym obozie zagłady w Sobiborze. Był jednym z najwyżej postawionych członków załogi; w publikacjach poświęconych Sobiborowi bywa określany mianem sierżanta kwatermistrza, szefa sztabu komendanta, a nawet zastępcy komendanta. Inni esesmani tytułowali go mianem Spiess. Odpowiadał za bieżące funkcjonowanie obozu. Podczas przyjmowania transportów znajdował się zazwyczaj na rampie kolejowej, gdzie – razem z Karlem Frenzlem – przeprowadzał selekcję nowo przybyłych ofiar, decydując kto zostanie przydzielony do komand roboczych, a kto skierowany wprost do komór gazowych. Wiosną 1943 roku otrzymał awans do stopnia SS-Oberscharführera.
Żydowscy więźniowie zgodnie uznawali Wagnera za najokrutniejszego i najbardziej niebezpiecznego esesmana w Sobiborze. Budził on strach także wśród innych Niemców oraz ukraińskich wachmanów. Wspomnienia i relacje ocalonych zawierają bardzo wiele opisów jego zbrodni. Świadkowie nie mieli przy tym wątpliwości, że maltretowanie i zabijanie Żydów sprawiało mu przyjemność. Nierzadko mordował swoje ofiary przy użyciu siekiery, łopaty lub wręcz gołymi rękoma.