Kulminacją konfrontacji było krwawo stłumione powstanie islamistów w Syrii w 1982.
Osłabieni Bracia Muzułmańscy kontynuowali odtąd działalność głównie na emigracji. Po 1996, gdy na czele organizacji stanął Ali Sadr ad-Din al-Bajanuni, starali się budować wizerunek Bractwa jako ugrupowania umiarkowanego, gotowego do funkcjonowania w demokratycznym państwie, respektującego mniejszości religijne i prawa człowieka. Bracia prowadzili tajne rozmowy z prezydentem Hafizem al-Asadem, a po jego śmierci – z kolejnym prezydentem Baszszarem al-Asadem, starając się o zgodę na ponowną legalizację organizacji. Nie zakończyły się one powodzeniem. Podczas wojny domowej w Syrii Bracia Muzułmańscy działali w opozycji zrzeszonej w Narodowej Radzie Syryjskiej, a w 2013 weszli w skład w skład Syryjskiej Koalicji Narodowej na rzecz Opozycji i Sił Rewolucyjnych.
1945-1963 Syryjska gałąź Braci Muzułmańskich zaczęła funkcjonować w latach 1945-1946 (według innego źródła powstała już w 1942), kilkanaście lat po założeniu przez Hasana al-Bannę macierzystej organizacji działającej w Egipcie. W momencie powstania przejęła część struktur dawnych muzułmańskich organizacji dobroczynnych;