18 ustawy 64/1952 Sb., co w praktyce oznaczało zakończenie pracy sądów administracyjnych niższej instancji. Jedynym elementem wymiaru sprawiedliwości, jaki został zachowany były sądy orzekające w sprawie ubezpieczeń społecznych (na podstawie Ustawy nr 221/1924 Sb. o ubezpieczeniach pracowniczych w przypadku choroby, niepełnosprawności i starości).
1989-2002 Podstawy konstytucyjne do istnienia sądów administracyjnych zawarto w art. 36. Karty Praw Podstawowych i Wolności, co jednak nie spowodowało odrodzenia czeskiego sądownictwa administracyjnego. Podstawą prawną do orzekania w sprawach administracyjnych były art. 244. i 245. piątej części Kodeksu postępowania cywilnego, które zostały powołane Ustawą nr 519/1991 Sb. Kompetencje sądów administracyjnych w okresie 1992-2002 pełniły sądy powszechne i Sądy Najwyższe Czech i Słowacji, a po rozpadzie Czechosłowacji Sądy Naczelne w Pradze i Ołomuńcu. Formalnie NSA został powołany 1 stycznia 1993, kiedy czeska Konstytucja weszła w życie. Artykuł 91. Konstytucji zdefiniował NSA jako drugi naczelny organ władzy sądowniczej obok Sądu Najwyższego. Mimo długoletnich starań NSA został powołany do życia dopiero w 2003.