Do zniszczenia miasta przyczyniło się także morze, które podmywało budynki. W efekcie obecnie linia brzegowa Mierzei Helskiej jest na jego krańcu cofnięta o 200–250 metrów w stosunku do stanu z XV wieku. Jeszcze w XVII wieku na mapach tej okolicy umieszczano zarówno Stary Hel, jak i (Nowy) Hel. W początku XVIII wieku miasto było tylko skupiskiem porzuconych ruin, z czasem wchłoniętych przez Bałtyk. Jedynymi śladami po Starym Helu były wyławiane okresowo kości, pochodzące z zalanego starohelskiego cmentarza. Mieszkańcy mierzei utrzymywali, że jeszcze na początku XX wieku na Helu znajdowały się drogowskazy prowadzące do zatopionego miasta.
Według legendy miasto zostało zniszczone z powodu pychy mieszkańców podczas burzy przez wielkie fale i trzęsienie ziemi. Legenda głosi też, że wiele lat po kataklizmie spod wody słyszany był dźwięk dzwonów z zatopionego miasta.
Pod koniec dwudziestolecia międzywojennego w Helu rozpoczęto budowę portu wojennego. Podczas prac w odległości kilkuset metrów na północny zachód od portu rybackiego w Helu, na głębokości dwóch–trzech metrów natrafiono na