Kiedy Trójca kradnie książkę, Lara i Jonah wyruszają na Syberię, gdzie zostają rozdzieleni przez lawinę.
Lara odkrywa, że Trójca wykorzystuje postsowiecki kompleks jako swoją bazę badawczą. Zostaje złapana i osadzona w jednej celi z Aną, która okazuje się być siostrą Konstantina i szpiegiem organizacji, poszukującej – jak się okazuje – artefaktu nazywanego Boskim Źródłem, rzekomo zapewniającym nieśmiertelność. Larze udaje się uciec wraz z Jacobem, tajemniczym tubylcem, który prowadzi ją do swojej wioski. Okazuje się on być liderem Ocalałych, potomków wyznawców Proroka. Kiedy Lara wspiera mieszkańców w walce przeciwko Trójcy, dowiaduje się, że Prorok, naznaczony przez Zakon Trójcy piętnem heretyka, wraz ze swoimi wyznawcami wyruszył w długą podróż, zakończoną założeniem na obecnej Syberii Kitieżu. Kiedy mongolska horda pod przywództwem Czyngis-chana zaatakowała miasto, Prorok był zmuszony poświęcić je celem chronienia Boskiego Źródła. Ocalali uciekli i osiedlili się na okolicznych terenach, przysięgając chronić tajemnicę miasta. Jacob ostrzega Larę przed tym, że chociaż Boskie Źródło istnieje naprawdę, to może nie być tym, czego ona szuka. Konstantin przypuszcza kolejne ataki na Ocalałych, wierząc w to, że są oni heretykami, a on sam wypełnia wolę bożą.