Po przekroczeniu przez Armię Czerwoną pasma Uralu i wkroczeniu na zachodnią Syberię w trakcie kontrofensywy przeciw wojskom Białych admirała Aleksandra Kołczaka i dalszych operacji - 24.VII.1919 zajęto Czelabińsk – Smirnow został w sierpniu 1919 mianowany na przewodniczącego Biura Syberyjskiego KC RKP(b), od 27 sierpnia 1919 równolegle na przewodniczącego utworzonego wówczas trzyosobowego .
Energiczna koordynacja przez Smirnowa działań bolszewickiego podziemia na Syberii (i równolegle działań politycznych wobec syberyjskich eserowców i mienszewików) z działaniami regularnych sił Armii Czerwonej przyczyniła się zasadniczo do szybkiej klęski wojsk Kołczaka, która nastąpiła pomiędzy październikiem a grudniem 1919. 14 listopada 1919 padł Omsk, stolica Kołczaka, zaś 4 stycznia 1920 admirał abdykował w pociągu ewakuacyjnym na trasie Kolei Transsyberyjskiej. Następnie po wydaniu w ręce lokalnych eserowsko-mienszewickich władz w Irkucku i przejęciu z ich rąk władzy w mieście przez bolszewików został rozstrzelany 4 lutego 1920, na rozkaz z Moskwy.