W czerwcu 1991 założył spółkę „Korvita”. Otworzyła ona pierwszy prywatny szpital położniczy oraz specjalizację okulistyczną. Wojciech Kornowski został też właścicielem restauracji. W 1995 spółka została skreślona z listy zakładów opieki zdrowotnej, jednak w 1996 Sąd Najwyższy uchylił tę decyzję. W wyborach w 1997 Wojciech Kornowski kandydował z własnego komitetu do Senatu, zajmując 5. miejsce spośród 12 kandydatów w dwumandatowym okręgu.
Od 1997 do sierpnia 2001 był prezydentem Konfederacji Pracodawców Polskich. W grudniu 2000 założył partię polityczną Polska Unia Gospodarcza, w której także był prezydentem. W wyborach parlamentarnych w 2001 zarejestrowała ona listy do Sejmu w 16 z 41 okręgów (uzyskała 0,06% głosów). Wojciech Kornowski otwierał poznańską listę partiiSerwis PKW – Wybory 2001. Na przełomie lat 2003 i 2004 powołał Ogólnopolski Komitet Obywatelski „OKO”, który w wyborach do Parlamentu Europejskiego w 2004 zarejestrował listy w całym kraju, otrzymując 0,58% głosów. W 2005 przekształcił się on w Ogólnopolską Koalicję Obywatelską, która w wyborach do Sejmu zdobyła 0,14% głosówSerwis PKW – Wybory 2005 (Wojciech Kornowski otwierał jej poznańską listęSerwis PKW – Wybory 2005), a w wyborach prezydenckich wystawiła Stanisława Tymińskiego (który otrzymał 0,16% głosów, zajmując 9.