W więzieniu przebywał do listopada 1954 roku, lecz dopiero wiosną 1957 roku wznowił wykłady na Wydziale Teologicznym uniwersytetu.
Na początku 1960 roku Ministerstwo Szkolnictwa Wyższego zakazało prowadzenia mu zajęć uniwersyteckich. W późniejszym okresie ks. Słomkowski pracował w Prymasowskim Seminarium Duchownym w Gnieźnie, Studium Życia Wewnętrznego (od 1962), na Papieskim Wydziale Teologicznym we Wrocławiu (od 1966) oraz w Metropolitalnym Seminarium Duchownym w Warszawie (od 1968 roku). Od lat 50. prowadził wykłady z teologii dogmatycznej w Wyższym Seminarium Duchownym w Ołtarzewie. Był również inicjatorem pielgrzymek nauczycielskich na Jasną Górę.
W 1962 był wraz z ks. Eugeniuszem Weronem inicjatorem Prymasowskiego Instytutu Życia Wewnętrznego (wtedy Prymasowskiego Studium Życia Wewnętrznego).
Do śmierci mieszkał w Kaniach Helenowskich k. Warszawy. Został pochowany na cmentarzu w Ołtarzewie w kwaterze pallotyńskiej.
Prowadził badania naukowe z zakresu teologii dogmatycznej i teologii życia wewnętrznego ze szczególnym uwzględnieniem problemu pochodzenia człowieka.