W 1859 roku powrócił do Hamburga z powodu skandalu, wywołanego umieszczeniem przez Blandowskiego aluzji do dwóch członków Royal Society of Victoria w naukowych opisach odkrytych przez siebie gatunków ryb. W 1862 założył w Gliwicach atelier fotograficzne. W tym samym roku w gliwickiej drukarni Gustava Neumanna przygotowano zestaw jego zdjęć w formie albumu fotograficznego (album ten nie miał formy drukowanej i przygotowano go zaledwie w kilku lub kilkunastu egzemplarzach) dokumentującego jego badania Australii: Australien in 142 Photographischen Abbildungen. Do dziś zachowały się jedynie dwa egzemplarze tego dzieła. Wilhelm von Blandowski ostatnie pięć lat życia spędził w zakładzie psychiatrycznym w Bolesławcu, tamże został pochowany (zachował się fragment nagrobka z epitafium)Leksykon Gliwice .
Opisywany był jako „ambitny, ekscentryczny, uparty, impulsywny, kłótliwy indywidualista”L. K. Paszkowski: Blandowski, William (1822–1878), Australian Dictionary of Biography 3, 1969.
Na jego cześć nazwano rodzaje ryb Blandowskius i Blandowskiella. Heinrich Göppert na jego cześć nazwał triasową skamieniałość roślinną Sphaerococcites blandowskianus.