Mimo szybkiego rozwiązania Sądu Konstytucyjnego Czeskiej i Słowackiej Republiki Federalnej, sąd orzekł w ponad tysiącu sprawach, a Sąd Konstytucyjny Czech w wielu wyrokach odwoływał się do decyzji Najwyższego Sądu Konstytucyjnego Czeskiej i Słowackiej Republiki Federalnej.
1993–2003 Następstwem rozpadu Czechosłowacji było ustanowienie Konstytucji niepodległego państwa czeskiego, która nakazywała ustanowienie Sądu Konstytucyjnego. 15 lipca 1993 Sąd Konstytucyjny rozpoczął działalność po tym, jak prezydent Václav Havel nominował 12 z 15 sędziów Sądu. Nominację zatwierdziła Czeska Rada Narodowa, gdyż nie istniał wtedy jeszcze senat. Od 1993 kadencja sędziego miała trwać 10 lat. Nominacje prezydenckie zostały ogłoszone miesiąc po uchwaleniu Ustawy nr 182/1993 Sb. o Sądzie Konstytucyjnym, która wraz z art. 88 Konstytucji reguluje kwestie dotyczące pracy Sądu i rozpatrywanych postępowań.
Pierwszym sędzią zasiadającym na stanowisku prezesa Sądu Konstytucyjnego był Zdeněk Kessler. Jego praca w Sądzie trwała do 2003, kiedy z powodów zdrowotnych złożył rezygnację. Miloš Holeček, pierwszy wiceprezes Sądu Konstytucyjnego, zastąpił Kesslera do końca kadencji.