W 1655 roku ukazały się drukiem w Amsterdamie napisane już w 1643 roku prace La Peyrère’a Prae-Adamitae i Systema Theologicum ex Prae-Adamitarum Hypothesi. Dowodził w nich, że Biblia nie jest kroniką dziejów całej ludzkości, a jedynie narodu izraelskiego. W związku z tym Adam nie był pierwszym człowiekiem, gdyż Bóg stworzył przed nim inne ludy zamieszkujące Ziemię. Podważał także ogólnoświatowy zasięg Potopu i Mojżeszowe autorstwo Pięcioksięgu. Poglądy La Peyrère’a wywołały wielki skandal, jego dzieła spalono publicznie w Paryżu, samego autora uwięziono natomiast pod zarzutem herezji. Zwolniono go po sześciu miesiącach, gdy zgodził się na publiczne odwołanie swoich twierdzeń, konwersję na katolicyzm i odbycie pielgrzymki do Rzymu, gdzie ukorzył się przed papieżem. Po powrocie do Francji w 1659 roku wstąpił do zakonu filipinów. Przyznanie się do winy i konwersja na katolicyzm miały w rzeczywistości charakter pokazowy, La Peyrère najprawdopodobniej nigdy nie porzucił swoich poglądów.

Radykalne poglądy La Peyrère’a wywarły wpływ na późniejszą krytykę historyczną przekazu biblijnego, były inspiracją m.in. dla Spinozy.