Na wyposażeniu okrętu znajdują się instalacje demagnetyzacyjne, jednostka ma także możliwość przenoszenia dwóch łodzi hybrydowych typu TM-609IB. W chwili wejścia do służby, okręt oceniany był w literaturze jako najnowocześniejszy i prawdopodobnie najlepiej wyposażony okręt przeciwminowy na świecie.
Uzbrojenie W skład uzbrojenia okrętu wchodzi podwójnie sprzężona przeciwlotnicza armata automatyczna ZU-23-2MR Wróbel II kalibru 23 mm (bez wyrzutni rakietowych) oraz trzy wielkokalibrowe karabiny maszynowe WKM-Bm kalibru 12,7 mm na podstawach słupkowych z osłonami balistycznymi. Okręt pozbawiony jest silnego systemu obrony przed środkami napadu powietrznego. Bezpośrednią obronę przed atakiem powietrznym zapewniać mają przenośne wyrzutnie pocisków bliskiego zasięgu Grom.
Początkowo zakładano wyposażenie Kormorana w armatę kalibru 35 mm Tryton, jednak opóźnienia, które się pojawiły w programie Tryton ostatecznie spowodowały, że zdecydowano się na zamontowanie armaty Wróbel II. Obecnie ORP Kormoran oczekuje na decyzję dotyczącą wymiany armaty Wróbel II na OSU 35K.